水环境保护事关人民群众切身利益，事关全面建成小康社会，事关实现中华民族伟大复兴中国梦。当前，我国一些地区水环境质量差、水生态受损重、环境隐患多等问题十分突出，影响和损害群众健康，不利于社会经济持续发展。
为全面改善水环境，2015年4月，我国出台《水污染防治行动计划》，为我国“十三五”直至2049年的水环境管理提出了总体目标、工作目标和考核指标。
2015年9月印发的《生态文明体制改革总体方案》中，提出了“树立山水林田湖是一个生命共同体的理念，按照生态系统的整体性、系统性及其内在规律，统筹考虑自然生态各要素、山上山下、地上地下、陆地海洋以及流域上下游，进行整体保护、系统修复、综合治理，增强生态系统循环能力，维护生态平衡”的理念，这与国际上普遍采用的流域水环境管理的理念一致，也为我国水环境管理提出了指导理念。
欧美等国在20世纪80年代已经建立了流域管理的分区方案，并围绕着分区构建了水环境管理体系。但我国没有一套针对流域进行的管理分区方案，已有的区划由于不能很好的建立陆域自然地理要素和环境压力与水环境质量的关系，不能满足水环境质量的改善，因此基于流域的水生态环境功能分区体系是支撑我国《水污染防治行动计划》实施，支撑生态文明体制构建的重要保障。
流域水生态环境功能区是以流域为对象的水陆一体化管理单元，是流域生态系统健康保护的基础。流域水生态环境功能分区体系方案是《水污染防治行动计划》明确提出的相关工作任务，是落实“山水林田湖”生命共同体管理的基础，是实现单一水质目标管理向水生态管理、目标总量控制向容量总量控制转变的重要手段，对于实现国家水环境管理转型具有重要的意义。
从2008年起，环境保护部在国家水体污染控制与治理科技重大专项中，开展了流域水生态环境功能分区技术的研究工作，并在“十一五”和“十二五”课题中进行专项研究。
中国环境科学研究院水环境研究所研究员张远介绍，“十二五”期间，在“流域水生态保护目标制定技术”、“重点流域水生态功能三级四级分区研究”等课题支撑下，研究人员提出了水生态空间异质性分析、河流分类、水生态功能重要性评价、河流健康评价、保护目标制定等技术方法，形成了流域水生态功能分区技术方法体系，提出了水生态功能区环境管理目标体系，并在松花江、辽河、海河、淮河、黑河、东江、赣江7个河流型流域，太湖、巢湖、滇池、洱海4个湖泊型流域进行了流域水生态功能分区示范，明确了各功能区水生态环境保护目标和管理目标，为重点流域水生态功能保护与修复提供了技术支撑。
在水专项重点流域水生态功能分区研究的基础上，2015年环境保护部组织中国环境科学研究院、环境保护部环境规划院、环境保护部卫星环境应用中心等研究院所、大学及公司共13家单位，完成了全国流域水生态环境功能分区方案，共将全国划分为338个二级区，1815个三级区，明确提出了流域管理的边界，识别了流域水生态环境主导功能，评价了水生态环境质量状况，提出了三级区水环境质量管理考核指标和目标;研究成果被环保部用于《水污染防治目标责任书》和《重点流域水污染防治“十三五”规划》编制，为我国“十三五”和未来的水环境管理提供了水生态、水环境管理考核支撑。
在2015年12月4日召开的专家鉴定会上，与会专家认为流域水生态环境功能分区管理体系是在借鉴发达国家先进流域环境管理经验的基础上，提出了满足我国生态文明建设、水污染防治行动计划实施的流域管理方案体系，填补了我国流域水环境管理的空白，体现了水功能区、生态功能区和主体功能区等在流域单元上的落实，可应用于我国流域水污染防治规划、流域生态环境监测体系构建、流域考核等环保部管理工作中，有利于我国流域水环境质量的提升，建议在地方加大推广应用实施力度。
与此同时，张远建议，在全国水生态功能分区的基础上，要进一步完善流域水生态系统健康评价方法，实施全国水生态系统健康评估，建立流域生态空间管控制度，尽快整合水资源管理与水环境保护的总量控制要求，实施基于水生态环境功能保护的排污许可管理制度，转变我国水环境管理模式，建立和健全基于水生态功能分区的流域水环境管理的法律政策体系及其实施机制，积极推进水生态功能分区在环境管理中的推广应用。
