陈吉宁强调，“十三五”时期是全面建成小康社会的决胜阶段，是补齐生态环境短板、实现环境质量总体改善的攻坚期。
做好新时期水环境保护工作，必须牢固树立和贯彻落实五大发展理念，以改善水环境质量为核心，结合体制机制改革，实施最严格的水环境保护制度，将《水十条》细化为各部门各地方的施工图，确保各项任务措施落到实处。
当前和今后一段时期，要着重抓好以下七方面工作：
4月21日，全国水环境综合整治现场会在浙江浦江县举行。
一是完善水环境质量目标管理体系。要明确目标任务，将目标任务细化到市、县，并层层明确任务措施和责任单位，在控制单元基础上进一步细化实化工程措施和管理要求，最大限度减少污染排放、最大程度改善环境质量。要健全管理制度，按月对国控断面水质状况、《水十条》实施进展进行调度，督促重点工作任务落实。
要强化考核问责，将《水十条》落实情况等作为督政的重要内容，将考核结果作为对地方领导班子、领导干部综合考核评价和选拔任用的重要依据，作为中央财政安排水污染防治专项资金的重要依据，对干预、伪造数据和没有完成年度目标任务的，依法依纪追究有关单位和人员责任。要夯实工作基础，抓紧完成水环境监测网络建设，认真落实质控技术规定，规范监测方法，保证数据质量。
二是突出抓好“两头”。
一要保护“好水”，加强良好水体保护，对江河源头及现状水质达到或优于Ш类的江河湖库开展生态环境安全评估，制定实施生态环境保护方案，确保“好水”不能变差;全力保障饮用水水源安全。
二要治理“差水”，大力推进黑臭水体、不达标水体专项整治，定期公布黑臭水体整治进展，接受公众监督举报。
三是实施重大工程持续减排。“十三五”期间，国家层面将实施城镇污水及配套管网建设、畜禽规模养殖污染治理及废弃物综合利用两项重大工程，带动水环境大治理，完成“十三五”化学需氧量、氨氮减排约束性指标。
各地要在认真落实两项工程措施的基础上，结合本地实际情况和水环境改善目标要求，大力开展城乡结合部污水收集处理、农村环境连片整治、重要区域湖滨带与湿地环境综合治理、饮用水水源地环境综合治理、城市黑臭水体整治、十小企业关停等工作，将减排目标任务落实到具体排污单位，环境质量差的地方承担更重的削减任务。
四是推进重点流域区域海域污染防治。抓紧编制实施重点流域水污染防治“十三五”规划，进一步加强太湖、巢湖、滇池富营养化治理，强化三峡库区及上游地区水污染防治和丹江口库区及上游地区水源保护等重点工作;
抓紧制定长江经济带大保护工作方案，明确流域内各控制断面的水质目标，完善跨界考核断面监测网络，优化沿江取水口和排污口布局;
结合实际细化京津冀及周边地区水污染防治任务分工，大力开展工业集聚区污染集中整治，着力推进城镇污水处理设施升级改造，加强畜禽养殖污染治理;
调查评估重点河口海湾环境状况，落实“一河一策”分类管理要求，细化入海河流水质达标方案。
五是加强点源污染治理。实施排污许可管理，通过核定企事业单位许可排放限值的方式，明确每个固定源的总量控制指标;通过核发排污许可证对相关企业实施更加严格的排放管理，推动水质达标。推进取缔装备水平低、环保设施差、污染严重的“十小”企业。
六是强化科技支撑。依托水专项等有关国家科技计划，从关键问题出发，加快节水、治污、修复等重点技术研发，加大国际科研合作，加强技术成果共享与转化，为解决目前的突出水环境问题、促进环保产业跨越式发展提供技术动力。
七是完善政策保障。结合实际，细化完善配套政策;结合水环境管理需求，出台实施地方性法规标准，健全法规标准;积极创新投融资机制，遵循市场原则，积极引入社会资本，通过政府和社会资本合作(PPP)等模式推动重大项目建设;建立完善水污染防治协调协作机制，积极开展跨界水环境补偿试点。
