因具有较高的热值、较低的二氧化碳和有害物质排放，天然气通常被认为是一种清洁能源。
但天然气真的清洁吗?研究表明，天然气开采和加工过程中泄漏的甲烷，温室效应是二氧化碳的25倍，盲目开采天然气有可能得不偿失。鉴于此，美国环保局目前正考虑制定控制石油和天然气中甲烷排放的新规定。
除天然气外，核能和水能、风能、生物质能、太阳能等可再生能源也常被归为清洁能源。
核电通常情况下被认为是清洁高效的，但世界上任何一个国家都不能保证其核电站百分之百安全，一旦发生核事故，后果远远超出核电所能带来的益处。此外，核废料的处理也是一个棘手的问题，清除不当可能会给地球种下永久的毒瘤。
水能被认为是一种取之不尽、用之不竭的清洁能源，取用的是大自然循环往复的水，虽不燃烧化石燃料，不产生污染物排放，但水库建设对库区生态的影响往往在大坝建成运营之后才逐渐显现。埃及阿斯旺水坝已成为一个被反复分析的经典案例。
那么风能呢?风力发电利用的是来无影去无踪的风，也不消耗化石燃料，对生态环境直接影响较小，但不表示可以忽视，因为风力发电项目建设有可能影响当地的生态环境，如破坏植被、改变地形地貌、造成水土流失等，还会产生一定的电磁辐射。
生物质能发电利用农业、林业和工业废弃物、甚至城市垃圾为原料发电，应该算清洁能源了吧?但不可忽视的一点是，用在作物种植、收获、运输和提炼上的能源，有可能超出作物本身能提炼出的能源，甚至可能造成与民争食的情况。
万物生长靠太阳，太阳是地球生命的能量之源。可以说，人类使用的所有能源都直接或间接来自太阳。广义的太阳能包括化石燃料、生物质能、潮汐能等，狭义的太阳能专指利用太阳能发电。
把太阳的能量储存起来发电，多好的创意，怎么会不清洁?原来，问题不在于太阳能本身，而在于储存太阳能的电池板，其主要材料单晶硅在生产过程中会产生污染，而太阳能电池一旦退役，它本身又成了难以处理的垃圾。此外，如果一望无际的太阳能电池板如庄稼般“种”在原野上，剥夺了大地上的草木和昆虫享受阳光的权利，有可能对生态系统造成毁灭性的打击。
由此看来，所谓的清洁能源并不是一个绝对的概念，迄今为止还没有一种能源能称作是完全清洁的。在能源资源日趋紧张、环境问题日趋严重的今天，我们不能仅仅着重于研究和开发清洁能源的新技术，还要从源头上减少对能源的不合理使用。
改变当下不可持续的生产模式，减少对能源的需求，提高能效，胜过任何形式的清洁能源开发。
