部分地方整治工作进度滞后。按照国务院批准的专项行动方案要求，各地应于今年3月底前完成水源地环境违法问题排查，并制定问题整治方案。截至5月21日，仍有部分地方尚未制定完成整治方案。河北唐山市、山西晋中市、河南三门峡市、四川绵竹市、安徽蚌埠市固镇县尚未完成整治方案制定，给后续工作带来巨大压力。
部分地方整治方案不认真。云南曲靖市、湖南岳阳市岳阳县、江苏南京市、吉林白山市、河北唐山市、山西运城市、陕西安康市及山东泰安市、日照市、威海市等部分饮用水水源地虽然制定了整治工作方案，但没有明确责任单位或责任人，具体措施和任务分工比较笼统，可操作性不强。
部分地方没有落实信息公开要求。根据专项行动方案，各地应公开问题清单，定期发布整治进展情况。目前，湖南湘西州保靖县公开了专项行动实施方案，但没有公开问题清单和整治进展情况；湖南永州市个别县区未按要求开展信息公开工作。
