在污染治理方面，《意见》规定，实施园区污水集中处理。园区应以“雨污分流、清污分流、中水回用”为原则设置给排水系统，按照水污染防治行动计划等相关要求，建设污水集中处理设施并安装自动在线监控装置。应规范设置园区集中污水处理设施排污口，原则上一个园区设置一个排污口。而水、大气污染物排放超过总量控制要求或区域环境质量明显下降的园区，应加强排查并落实整改；鼓励园区推行集中供热。
此外，还要规范固体废物处理处置。园区管理机构应确定固体废物重点监控企业清单，按照分类收集和综合利用的原则，落实固体废物综合利用和处理处置措施。鼓励园区自建配套的固体废物集中收集及处理处置设施，依法依规对固体废物进行减量化、资源化、无害化处理。
环境监测方面，生态环境主管部门要优化水环境质量监测布点，科学设定监测频次；对纳污水体水质超标、下降的园区应加密水质监测。建立园区大气环境质量监测机制，对园区及周边大气环境质量状况及变化情况进行监控，并逐步由“一园一点”扩大到周边区域。
对严重污染环境、破坏生态的园区，生态环境主管部门可向有关部门提出予以撤销、摘牌的建议。
