关于超净排放的争议主要围绕着“环境和经济效益投入产出比太低属于劳民伤财”，“超净排放技术方面没有重大创新且严苛的条件并非一般电厂所能达到”，“电厂用优质煤其他用户用劣质煤依然会间接增大环境污染”等等。
首先关于环境和经济效益的投入产出比太低。不同的声音是，从已完成的超净排放燃煤机组项目来看，发电企业基本可以承受。随着超净排放技术与装备的深入发展，未来成本下降有很大空间，做到0.015元/千瓦时甚至0.01元/千瓦时是完全有可能的。节能减排发展到今天成本升高是必然，不能因为成本升高就停止。
其次是超净排放严苛的条件并非一般电厂所能达到。不同的观点是，实现超净排放的条件并不严苛，从现有的技术条件来看，基本上一半以上的煤粉锅炉和约70%的CFB锅炉都可以实现超净排放，而且成本可以接受。
再次是关于使用优质煤与低质煤的争议。事实上，无论是电厂还是其他用户都要用优质煤，东部、南部沿海地区应该鼓励用印尼、澳大利亚等进口优质煤，价格便宜，运输、装卸方便，内地鼓励用神华煤等优质烟煤。
另外，有观点称企业上超净排放是为了新建煤电，保留现有煤电，怕气电替代煤电而付出更高成本。甚至有偏激的声音称超净排放是为了避免更大损失或者为了获得局部利益而采取的不科学、不合理且对社会造成损失的做法。对此，有专家表示，我国燃煤发电为主的格局短时间内不会发生根本性变化，而目前我国天然气发电依然比较昂贵。超净排放具备充分的科学性、合理性、经济性，作为需求创新，必将推动技术创新和管理创新。
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