目前，农村沼气工程因其综合效益显著，发展成为了农业农村的重要基础设施与新农村建设的一个重要内容。但是，随着农村劳动力转移及畜牧养殖业专业化、规模化的发展，农村沼气工程的现实需求已发生了深刻变化，与之相对应的国家支持政策也因此出现了很多不相适应的问题，到了亟需调整的时候。
国家目前对户用沼气、小区及联户沼气、大中型沼气工程及服务体系建设项目实行补助政策，这个政策随着形势的发展，在实践中出现了以下不相适应的问题：一是，国家对户用沼气工程的补助标准太低，农户承担的建造投入太大，影响了农户建造的积极性。二是，小区及联户沼气工程命名不科学、补助标准设置不合理，限定向周边农户供气的前置条件不符合客观实际。三是，规模养殖场发展迅速，但国家对大中型沼气工程的投入少，养殖污水给环境造成了很大的压力。四是，沼气服务网点营运成本高，农户享受不起沼气的高成本服务。五是，地方项目配套资金难以到位，严重制约了沼气工程项目的实施与管理。
因此，笔者建议：一是，政府要下放项目审批权限。沼气工程是技术相对成熟、单个工程资金投入较小的项目。建议国家部、委只对各省总投资规模及资金在各类项目工程的总分布进行审批；地市县的资金规模及各类项目的基本条件及项目资金等审批权限可以下放到省；国家项目资金量不多、建设对象户多且分散的户用沼气、小型沼气工程等项目的建设地点，则可下放到县级主管部门在实施中控制。
二是，提高户用沼气工程的补助标准。户用沼气工程项目，表面上看是一家一户的事。但事实上，沼气工程是一个综合效益很强的公益性项目，其效能扩散到了生产、生活、卫生、生态、环保等领域，社会效益、经济效益、生态效益突出。为此，建议国家加大投入，将补助标准提高到总投资额的三分之二。按当前物价水平，户用沼气工程国家补助标准设定为4000元左右为宜。
三是，小型沼气工程按总池容设置补助。小型沼气工程是解决当前畜牧业专业化生产对环境污染问题的有效途径。建议取消小区及联户沼气工程名称，换用比较科学的小型沼气工程命名。在补助设置上，按建造总池容的容积设定补助。补助标准：设定为每立方米池容800-1000元为宜。
四是，加大特大型、大中型沼气工程项目的国家投入，强制要求规模养殖场处理生产污水，切实保护生态环境。特大型、大中型沼气综合利用工程是目前解决养殖生产污水问题的一个较好的途径。比如，一个1000立方米池容的大型沼气工程，年可处理养殖污水3万吨，年产有机肥2万吨，年产沼气25万立方米，可年发电30万度，综合效益十分明显。如此好的项目，建议国家加大投入，争取3—5年内使我国所有规模养殖场的生产污水都通过大中型沼气综合利用工程实现排污处理及资源的再利用。
五是，设置农户用气、用肥及服务网点运行补助。实践证明：沼气工程是解决农村能源、低成本实现农村节能减排的重要途径，是发展有机循环农业的一个很好的模式。因此，建议国家加大投入，促使其又好又快发展。具体政策可设立用气、用肥及服务网点运行补贴。补助标准：用气、用肥每10立方米池容每年补助300--500元；每个服务网点每年补助维修服务费1—2万元。
六是，取消县级按项目计划资金配套的措施，要求县级设立可再生能源发展专项资金。建议不再以地方配套的方式要求地方财政投入项目建设资金。可以依据可再生能源法规条例，强制要求地方政府按当地总人口人均1—2元的标准设立可再生能源发展专项资金，纳入年度财政预算。这样，则更有利于农村可再生能源的健康发展。
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