目前，很多地区的农村环境整治试点工作正在陆续从建设向运营管理过渡。确保设备长期稳定运行，防止设备“晒太阳”，成为欠发达地区面临的主要问题。
就农村污水处理设施而言，其运行主要存在两个问题：
一是满负荷运转的资金难承受。以苏北某乡镇一个小型污水处理厂为例，由于资金有限，加上附近村民的生活污水达不到满负荷运行。目前，这个污水处理厂每年的运行成本县财政还能承受。但如果随着乡镇中心村人口增加，污水达到满负荷处理，那么对于欠发达地区乡镇来说，污水处理厂一年的费用很难承受。
二是维护经费难保障。污水处理厂建设是政府出资，但后期的运行和管理却需要地方自己想办法。目前，除少数县将运行管护经费纳入财政预算外，大部分仅有很少的补助经费，不能满足正常运行的需要。
环保设施属于三分建设、七分管理，必须通过政策支持、机制创新、管理驱动等方式完善建设和管理。惟有如此，才能实现农村环境连片整治的目标。
一要强化政策支持力度。建议出台农村环境连片整治项目基本建设程序实施办法、连片整治项目技术标准和规范、设立成熟技术项目库等。在资金拨付时间上，应由建设前期向建设后期转变。在建设后期，对地方进行资金补助;在验收期，对项目进行质量、资金评价，按一定比例给予补助;在运行期，结合日常督察运行情况和运行成本，适当给予补助。
二要创新资金筹集机制。按照谁投资、谁受益的原则，各地要建立政府主导、市场运作、社会投资的乡镇污水处理厂运行维护模式。可采用3种模式：一是由县政府组建水务集团，统一负责城镇和农村地区自来水供应和乡镇污水处理厂的运行维护工作;二是由县政府组建城乡污水处理设施运营公司，负责城市、乡镇和农村生活污水处理设施运行维护;三是由县政府或住建部门聘请具有环境污染治理设施运营资质的公司，统一管理农村生活污水处理设施。对市场化运行的污水处理厂，住建部门应当依法与运营单位签订维护运营合同，根据环境保护主管部门对城镇污水处理设施出水水质和水量的监督检查结果，核定城镇污水处理设施运营服务费。
三要适时征收村镇污水处理费。各级物价、住建、财政等部门要研究制定村镇污水处理收费政策，指导各地建立与农村经济社会发展水平相适应的污水处理收费制度。在建有污水处理厂的乡镇范围内，对向污水处理厂管网排放污水的用水户，适时征收污水处理费，收费标准授权各县(市、区)政府制定。各地要结合自身实际，逐步将村镇污水处理费标准调整到保本微利水平;调整不到位的，政府财政要给予补贴。鼓励农村(社区)集体收入补贴污水处理设施运行经费，采用一事一议政策解决部分资金问题。
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