生态补偿机制是环境政策转变的一种经济手段，它由最初的命令式、强制式生态保护，到通过制度设计激励居民、企业和地方政府进行环境治理。激励机制的设计是委托代理理论的一个核心问题。由于流域生态服务具有公共物品的性质，决定了政府在生态补偿机制中占主导地位。因此，流域内各级政府都是生态补偿的参与主体，并且上下级政府之间在生态补偿问题上形成了一种委托代理关系，如省级政府和市级政府之间、市级政府和县级政府之间等，所涉及的政府范围的大小由流域覆盖范围决定。
在流域生态补偿中，按行政单位可以将整个流域范围划分为省级区域、市级区域以及县级区域。其中各上下级政府之间构成委托代理关系，如省市之间，省级政府为委托人，市级政府为代理人，省级政府委托流域流经的所属各市进行生态保护，目标是能够提供等于或高于相应标准的流域生态服务。市级政府在生态保护中付诸的努力程度与合约中的激励条件密切相关，市级政府要考虑不同的生态保护投入水平下收益与成本的变化，并对其权衡，最终决定生态保护的治理力度。市级与县级之间同样存在这种关系，也可以说，是上级政府与下级政府之间的委托代理关系。
流域生态补偿中的委托代理关系与一般企业中的委托代理关系存在着不同之处。流域生态服务虽然不是纯公共物品，但是明显具有公共物品的性质，涉及到政府之间的委托代理关系，长期来看，“棘轮效应”作用显著。在流域生态补偿制度中协议制定时，要规定一个基于水质、水量指标的标准，在多次重复博弈过程中，上级政府往往会通过后验概率(即水质、水量改善的情况)修正流域水质水量的标准。随着水资源状况的改善，上级政府可能会将水质和水量标准越提越高，从而产生“棘轮效应”。再加上流域生态改善的边际成本是快速递增的，更加剧了这一效果。为了应对这种情况，在实际运作中，下级政府自然地会有所保留。因此，流域生态补偿中应当考虑生态治理的边际成本递增，合理确定标准以避免“棘轮效应”。
基于上述分析，笔者对流域生态补偿机制建设及实施提出以下建议：
流域生态补偿中上下级政府采取风险共担的方式。如果下级政府不承担任何风险，只取得固定的收益，由于代理人的行为不能直接被上级政府观察到，则作为代理人的下级政府必定会偷懒。而完全由下级政府承担风险则会对其造成过大的压力，甚至难以完成生态保护工作。因此，流域生态补偿应当采用风险共担的安排方式。
水质、水量指标的选取符合委托代理中有效率的机制的要求。水质和水量指标检测容易，目前国内水文监测的设备建设比较完善，且水质的评价方法比较成熟。取水量的测定比较简单，有关水权市场的研究使得水资源的价值被确定切实可行。而且水质和水量指标是反映流域生态服务价值的最直接、最主要的观测指标。因此，以水质水量为指标可以使得下级政府的努力水平得到比较真实的反映，有利于这一机制的实施。
流域生态补偿机制的有效运作需要其他机制的辅助。为激励下级政府对流域生态保护投入更多的心力，应当尽量进行激励。但是鉴于下级政府从事的两项工作即经济增长和流域生态保护的特性及相互间的成本替代关系，实现经济增长较易被观测到，而流域生态环境的改善及其投入的努力是较难被衡量或观测。因此，为提高流域生态环境水平，需要上级政府对经济增长工作的激励弱化，否则可能导致下级政府的短期行为。
流域生态补偿长期实施可以取得更好的效果，但应注意克服“棘轮效应”。在无限次重复博弈中，下级政府的一些短效和表面的方式很难隐藏下去，这样就使得下级政府被发现的概率增大，从而减少上级政府承担的风险成本。
