由于燃烧不产生有害物质，沼气一直被认为是清洁能源，然而，中国农业大学董仁杰教授提出沼气工程是环保型的，可是如果没有后处理，沼气工程不是环保工程。有利于农作物生长的沼液和改善土壤的沼渣若利用不当会严重污染农田、污染土壤。
沼气面临环境问题 看似是清洁能源实则污染严重
频发的雾霾让中国人意识到了环境污染问题的严重性，调整能源结构，减少污染物排放成为当务之急。作为生物质能源利用的一种方式，沼气工程逐渐受到关注。沼气的主要成分是甲烷，甲烷燃烧不会产生二氧化硫、氮氧化物等有害物质，因此被认为是清洁能源。
然而，在今日举行的山东省生物质高质利用技术论坛上，中国农业大学董仁杰教授提出：“沼气工程是环保型的，可是如果没有后处理，沼气工程不是环保工程。中国的沼气工程最大的挑战，一个是预处理，一个是原料利用后的后处理，我国沼液沼渣的后处理面临的挑战远远高于欧美国家。”
据了解，新鲜沼液中含有硫化氢等气体物质、发酵不完全的固体废物、重金属、氮元素、磷元素等有害物质;同时以动物粪便为原料的沼气工程产生的沼液大部分酸性偏重，直接排出对周边环境危害很大。
2012年，《华商报》曾报道了安康市汉滨区江北办事处内阳晨农业示范园沼液外泄事件，沼液随雨水污染了附近刘家沟村水源，当地百余名群众饮用水受到影响。
沼液中含有的氮、磷等元素有利于农作物的生长，因此，常被用在农田中。然而，董仁杰指出，未经处理的沼液对植物可能存在毒化作用。“沼液中含有吲哚乙酸，还有一些其他的植物生长激素，植物生长激素的在低浓度的时候对植物有利，在高浓度的时候，对植物有害。美国人用沼液做过试验，30%的沼液是对植物有害的。所以沼液必须经过稀释才能使用。
作为养殖业的回冲液也是沼液利用的一种方式，但在使用之前必须经过灭菌处理。沼液中含有多种病菌，未经灭菌处理的沼液直接回冲到猪栏或者牛栏，会造成各种疾病的传播，危害不容小觑。
沼渣中的有机质和腐殖酸，可以起到改善土壤的作用，未腐熟原料施入农田发酵可以释放养分。“但这必须考虑土壤承载能力的问题，否则就会污染农田。这是一种看不见的污染，等发现了再恢复就很困难”。目前很大一部分沼气工程采用的原料是畜禽粪便，部分畜禽养殖业者过量使用含Zn、Cu等重金属元素的饲料添加剂，导致粪污中有害重金属超标，沼渣用到农田中会造成严重的土壤污染，同时农产品的质量安全也受到威胁。论坛上有专家举了一个例子，多年前北京某沼气厂利用鸡粪厌氧发酵生产沼气，随后把沼渣施用到农田中。十年之后监测发现土壤镉超标10倍。
近年来，沼气工程受到更高的关注，农业部副部长张桃林曾表示：“我国具有丰富的农业生物质资源，可以能源化的资源量约为3.5亿吨标准煤，发展潜力巨大。今后国家将继续把沼气工程作为生物质能发展的战略重点，进一步完善扶持政策，拓宽原料来源和应用领域，加大建设力度，为改善农民生活和发展农村经济提供优质、清洁、可靠的能源保障。”
政策的鼓励和企业的投入，沼气工程已经有了一个良好的开端，但善始还需善终，试想，如果缺少后处理，壮大后的沼气产业又会给环境带来怎样的困扰?沼气工程主要包括三个部分，即沼气的净化、沼气的利用和后处理，任何一个环节的不到位的沼气工程，都无法称为环保工程。
