一、项目经营期内的税务处理
(一)企业所得税
1、减免企业所得税政策：享受三免三减半的企业所得税政策
根据《中华人民共和国企业所得税法》(中华人民共和国主席令第63号)第二十七条第二款、第三款、《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(中华人民共和国国务院令第512号)第八十七条、《财政部国家税务总局关于执行公共基础设施项目企业所得税优惠目录有关问题的通知》(财税〔2008〕46号)和《国家税务总局关于实施国家重点扶持的公共基础设施项目企业所得税优惠问题的通知》(国税发〔2009〕80号)的规定,投资企业从事《公共基础设施项目企业所得税优惠目录》规定的港口码头、机场、铁路、公路、城市公共交通、电力、水利等项目。从事公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税。
另外，《财政部国家税务总局关于公共基础设施项目享受企业所得税优惠政策问题的补充通知》(财税〔2014〕55号)第一条还规定：企业投资经营符合《公共基础设施项目企业所得税优惠目录》规定条件和标准的公共基础设施项目，采用一次核准、分批次(如码头、泊位、航站楼、跑道、路段、发电机组等)建设的，凡同时符合以下条件的，可按每一批次为单位计算所得，并享受企业所得税“三免三减半”优惠：(1)不同批次在空间上相互独立;(2)每一批次自身具备取得收入的功能;(3)以每一批次为单位进行会计核算，单独计算所得，并合理分摊期间费用。
2、投资抵免企业所得税：专用设备投资额的10%抵免当年企业所得税应纳税额
根据《中华人民共和国企业所得税法》(中华人民共和国主席令第63号)第三十四条规定：企业购置用于环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的投资额，可以按一定比例实行税额抵免。所谓的税额抵免，是指企业购置并实际使用《环境保护专用设备企业所得税优惠目录》、《节能节水专用设备企业所得税优惠目录》和《安全生产专用设备企业所得税优惠目录》规定的环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的，该专用设备的投资额的10%可以从企业当年的应纳税额中抵免;当年不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免。其中专用设备投资额，根据财税〔2008〕48号)第二条的规定，是指购买专用设备发票价税合计价格，但不包括按有关规定退还的增值税税款以及设备运输、安装和调试等费用。
当年应纳税额，根据财税〔2008〕48号)第三条的规定，是指企业当年的应纳税所得额乘以适用税率，扣除依照企业所得税法和国务院有关税收优惠规定以及税收过渡优惠规定减征、免征税额后的余额。享受投资抵免企业所得税优惠的企业，应当实际购置并自身实际投入使用的环境保护、节能节水、安全生产等专用设备;企业购置上述专用设备在5年内转让、出租的，应当停止享受企业所得税优惠，并补缴已经抵免的企业所得税税款。
根据财税[2008]48号的相关规定，企业利用自筹资金和银行贷款购置专用设备的投资额，可以按企业所得税法的规定抵免企业应纳所得税额;企业利用财政拨款购置专用设备的投资额，不得抵免企业应纳所得税额。企业购置并实际投入适用、已开始享受税收优惠的专用设备，如从购置之日起5个纳税年度内转让、出租的，应在该专用设备停止使用当月停止享受企业所得税优惠，并补缴已经抵免的企业所得税税款。转让的受让方可以按照该专用设备投资额的10%抵免当年企业所得税应纳税额;当年应纳税额不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免。
根据《国家税务总局关于环境保护节能节水安全生产等专用设备投资抵免企业所得税有关问题的通知》(国税函[2010]256号)的规定，纳税人购进并实际使用规定目录范围内的专用设备并取得增值税专用发票的，如增值税进项税额允许抵扣，其专用设备投资额不再包括增值税进项税额;如增值税进项税额不允许抵扣，其专用设备投资额应为增值税专用发票上注明的价税合计金额。企业购买专用设备取得普通发票的，其专用设备投资额为普通发票上注明的金额。
(二)增值税优惠政策
从事PPP项目中的污水处理、垃圾处理和风力等涉及到资源综合利用和环境保护的项目，可以享受以下增值税优惠政策。
1、销售自产的再生水免增值税
《财政部国家税务总局关于资源综合利用及其他产品增值税政策的通知》(财税[2008]156号)第一条第(一)项规定：销售自产的再生水免增值税。其中所谓的再生水是指对污水处理厂出水、工业排水(矿井水)、生活污水、垃圾处理厂渗透(滤)液等水源进行回收，经适当处理后达到一定水质标准，并在一定范围内重复利用的水资源。再生水应当符合水利部《再生水水质标准》(SL368—2006)的有关规定。
2、污水处理劳务免征增值税
根据《财政部国家税务总局关于资源综合利用及其他产品增值税政策的通知》(财税[2008]156号)第二条规定，对污水处理劳务免征增值税。污水处理是指将污水加工处理后符合GB18918—2002有关规定的水质标准的业务。
3、垃圾处理、污泥处理处置劳务免征增值税
《财政部、国家税务总局关于调整完善资源综合利用产品及劳务增值税政策的通知》(财税[2011]115号)，对农林剩余物资源综合利用产品增值税政策进行调整完善，并增加部分资源综合利用产品及劳务适用增值税优惠政策。其中，与垃圾处理有关的PPP项目运营有关的税收优惠是：对垃圾处理、污泥处理处置劳务免征增值税。
二、项目期满移交阶段的税务处理
由于PPP项目中的项目公司获得的是一定期限的政府特许权许可，在特许权期限到后，运营期满,全部资产无偿移交政府，实质上不拥有设施的所有权，由于其无形资产的计税基础已在特许经营期限内摊销完毕，也不作税收处理。
