欧盟的监测报告体系从第一、第二阶段的指南上升到第三阶段的条例，足见欧盟对于该体系的重视。从监测的范围看，监测温室气体种类逐渐增多，第一、第二阶段仅监测CO2的排放，第三阶段新增监测N2O、PFCs的排放;从监测的流程看，监测计划的作用更加重要和突出，是企业核算、报告与第三方核查的主要依据;从监测的方法学来看，第三阶段基于计算的方法学和基于测量的方法学描述得更加详细，数据的获取和等级要求更清晰。
另外，欧盟2012年公布的关于温室气体排放报告和吨公里报告的核查以及核查者的认证规定，适用于欧盟第三阶段，这使得监测、报告、核查体系更加完整。
监测和报告体系
EU ETS第一阶段：指令2003/87/EC第14条要求委员会在2003年9月30日前根据附件9的监测和报告原则为ETS覆盖的生产活动制定温室气体排放核算与报告指南(Monitoring and Reporting Guidelines,MRG)。2004年1月29日通过了决议2004/156/EC(MRG2004)，建立EU ETS第一阶段的温室气体排放监测与报告指南。指南规定了化石燃料燃烧以及炼油、烧焦、矿石煅烧、钢铁、水泥、石灰石、玻璃、陶瓷及造纸共9种生产活动的核算方法及总体的报告规则。
MRG2004规定受控设施必须报告设施内所有排放源内所产生的碳排放，但不包括运输用的内燃机所产生的排放。并要求制定与排放设施相关的监测方法，描述其生产活动、员工管理职责、排放源、燃料使用情况、每个数据的层级及核算方法等信息。监测方法包括基于计算的方法以及基于测量的方法。指南为监测加入了层级的概念，层级越高表明数据精度越高，原则上设施必须以最高层级来监测其温室气体排放，除非设施可以证明高层级的要求在技术上不可行或者会因此而带来不合理的费用，设施可相应降低层级要求。如果设施能够保证高层级时，可以选择使用测量的方法。另外，指南规定了CO2的计算方法，活动数据、排放因子的获取要求，对于报告格式、数据保留、质量保证等方面也提出了明确要求。
EU ETS第二阶段：在总结第一阶段的运行经验后，欧委会通过了2007/589/EC决议，在原有的MRG2004基础上进行修改，发布了新的核算指南MRG2007作为第二阶段的监测与报告指南。MRG2007在2008年和2009年进行了两次修正，分别加入了N2O以及航空排放的监测和报告方法。
MRG2007对原有指南的改动包括：
1.完善与增加定义。注重源流而不是只关注排放源、以真实性替代准确性、定义了实质性。更换了对主要源流、次要源流和最低源流的定义。
2.明确提出了监测计划的定义以及包含的内容，如设施的描述、人员责任、排放源、监测方法学以及数据获取等内容，较之前的标准更有针对性。
3.明确了不确定性的计算方法(误差传播法)以及相关参数的测量要求。
4.完善了燃料属性的计算和获取过程。其中完善了典型采样的要求，另外提出在特殊情况下可以委托非认证实验室进行测试的说法，细化了ISO17025关于在线气相色谱测试的要求。
5.根据排放量将设施分为A、B、C类，要求B和C类设施采用最高层级监测。
6.对不能满足最低层级要求的设施采用“折衷”方法，可以制定一个定制的监测计划，并对每个参数进行不确定性分析，提交主管部门审批。
7.降低来自生物质的排放的核算要求。
8.降低2.5万吨及以下CO2排放设施的核算要求。
9.不强制化石燃料燃烧过程的氧化率符合最高层级。
10.细化了固有CO2和转移CO2的规定。
11.每个源流参数的不确定性需要书面证明。
12.完善了质量控制和质量保证的规定。
EU ETS第三阶段：2012年6月21日欧盟委员会颁发了法规EU 601/2012(MRG2012)，替代了第二阶段的指南。欧盟新的监测报告指南进一步加强了对核算方法的统一，做出了以下修正：
1.再一次明确了监测计划的核心位置，并规定了监测计划应该包含的最基本内容。
2.修改了层级的选择要求以及更改了源流大小的定义。
3.进一步收紧监测计划中关于证明符合相应层级的要求，提出不确定性分析和风险评估等要求。
4.加强了基于计算和基于测量方法的结合使用，将基于计算的方法分为标准化方法和质量平衡方法。
5.增加了关于不合理成本的说明。
6.规定在评价测量设备时将不确定性作为主要参数，允许灵活运用多种评价方法。
7.当排放因子通过实验分析获取时，指南规定需要提供专门的采样计划、实验室情况等方面的说明。
8.改进了核查中关于数据流和质量控制的规定。
9.为加强欧盟内部的统一性，新增了报告的电子模板。
核查体系
欧盟在第一和第二阶段没有专门的核查体系，2012年6月欧委会颁发了EU 600/2012法规，即关于温室气体排放报告和吨公里报告的核查以及核查者认证的法规，适用于第三阶段。该法规规定了核查的范围、核查计划、主要原则、核查流程以及对核查者的要求等方面的内容。具体的核查流程可以归纳为：了解生产活动、熟悉数据管理系统、建立可接受的重要性原则、分析数据风险、编制核查计划、按核查计划开展核查、准确性检查、要求运营商提供缺失数据、出具核查报告等环节。
