大部分农村地区的生活污水没经处理便随意排放，有机物蓄积太多、大量细菌繁殖，直接导致农村周边河流、水库富营养化，严重破坏生态系统。很多农村浅井水中硝酸盐超标，长期饮用可能增加患病风险，而生活污水正是硝酸盐的来源之一。还有农药、化肥等物质，可能加重水体污染、极大威胁饮水安全。
农村生活污水处理的困难主要在于6个方面：1.排放污染源较分散，即单户排放较多，不像城市居民区统一排放;2.收集管网系统不健全，属于粗放型排放，很多都是直接泼在地面或倒入沟渠中;3.农民环保意识不强;4.资金短缺，国家虽已投入大量资金，但还远远不够，农民自身不愿承担相关费用;5.只有处理设备，缺乏专业人才;6.还没形成大规模、较成熟、可被推广的处理模式。
