柴油机排烟系统处于手动模式时，可以通过人机交互界面对电动阀、进排风机和水泵单独控制，完成控制系统调试，同时还可以进行排烟管路控制和能量回收器结冰清除。在手动模式下除电动阀单独控制外，还可通过换热器强制切换功能，同时控制所有的电动阀进行能量回收器切换。
通过温度传感器反馈排烟温度与进风温度的差值，控制变频器的输出，调节进排风和流量、冷却水流量，保证排烟口温度与环境温差不超过设定值。PID控制器不需要精确的控制系统数学模型，具有较强的灵活性和适应性，可以采用各种PID控制的变种和改进的控制方式。
对于控制系统的变频器，采用PI控制就可以达到预期的效果，PI控制的最大优点是减小系统的稳态误差。在S7－200中，PID控制算法通常是通过调用PID向导生成的子程序实现的。PI控制时，将PID向导中微分时间设置为0，以降低排烟温度为例。
PLC通过传感器实时采集排烟温度和进风温度，计算出二者的实际差值并与系统设定值比较，计算出系统的控制偏差。PLC执行PID控制指令，调节进风流量，使排烟温度降低，实际温差减小，从而实现电站排烟温度的连续控制。
