针对我国乡镇生活污水处理工程的特点和目前国内发展的现状，乡镇污水处理中需要做好的工作如下：
1)针对一般建制镇集镇区和各村庄比较分散，很难通过管网集中处理。集镇区宜选择集中处理，各个村应根据分散情况设计多个分散式农村污水处理工程。
2)部分经济条件较好且水量较大的乡镇，污水处理厂宜采用传统的生化处理方法，如氧化沟工艺、SBＲ工艺、接触氧化工艺等。一般北方地区水质浓度较高宜采用SBＲ工艺，南方地区水质浓度较低，宜采用氧化沟和接触氧化工艺。经济条件较差或水量较小的集镇和农村污水推荐使用土地渗滤处理工艺、人工湿地工艺和综合生态湿地工艺等微动力污水处理系统。相对传统的生化处理工艺直接运行费用0．5元/t污水以上，微动力污水处理工艺直接运行费用可控制在0．1元/t污水以内，而且机械设备少，管理简单，无需配备专门的技术人员。例如人工湿地系统运行主要为植物管理。植物的管理主要包括:植物的种植和生长管理、收割、病虫害防治等。在植物体系建立过程中，一般要注意种植技巧、种植季节、水深控制、植物生存能力等几个方面。在高效水平潜流湿地中一般需要重新建立植物系统，多采用播种或移栽的方法。采用种子播种需要时间长，加上微生物驯化时间，将使工程推迟使用。快而可靠的方法是将天然湿地或苗圃培养的植物根、茎移植到处理池中。一般选用带芽的根茎效果比较好，长度约10cm。不同植物种植密度不同，如芦苇叶面较稀，种植间距相对要小，一般为50cm。
种植时间一般在春、秋季，栽后需要进行灌溉。植物在春天和夏天主要是地上部分生长，秋天根茎开始生长。在高效复合潜流湿地系统中，只有植物根茎完全深入床底后，系统方可达到最优状态。植物栽种后，应对水位进行控制，注意避免水位太低植物干死和水位过高植物幼枝淹死或被水流冲起，保证植物存活，促进根茎向深部生长。在湿地系统中，为保持稠密的水生植物，并使之健康生长，植物的管理对处理系统的成功运行非常重要。植物系统建立后必须由污水连续供应养分和水，保证植物多年的生长和繁殖。植物在高浓度毒性物质的作用下易受损害，如植物发生死亡，必须及时补种以恢复所需的处理能力。每年秋季，植物地上部分将逐渐枯死，此时也是地下根茎和根芽的重要生长期，芦苇在这时期将形成来年生长苇芽。因此，植物至少每年收割一次，秋后若不收割，它将分解并释放出有机物和营养物质，导致来年春天氮、磷的高峰。在高效复合潜流湿地系统中，地表的枯枝败叶并不影响地下污水的流动，并能提供一定程度的隔热层，为冬季运行提供条件。而在自由表面流湿地中，需要定期清除系统表面的枯枝败叶。
天然杂草在系统中的出现一般不至于影响处理效果。但当杂草竞争危及植物系统或发生其他例外情况时，需要人工清除。植物在收割前应停止进水使地面干燥，还要及时清理落下的残枝败叶，并平整土地，铲除凸起部分，填平沟道。收割后的植物需想办法进一步进行处理，以免造成二次污染。夏季气温高时，湿地前部积累的污泥因分解快和供氧不足产生恶臭。如进水有机物浓度较高，可采取出水回流提高流速，冲刷前部积泥，增大前部水深，减轻恶臭问题。夏、秋季发生暴雨时，注意调节进水量和保持湿地中水流流速在最大设计流速范围内，防止因过度冲刷破坏湿地内的土层。植物管理过程虽然繁杂，但是由当地农民培训后均可兼职管理。
3)乡镇污水处理工程在设计过程中很难收集齐所需的基础资料，因此，在设计前的现场调研工作一定要仔细，每个村的最高洪水位或内涝水位多缺少统计资料，应以所在地居民提供的近年的最高洪水位或内涝水位进行参考。另外以上微动力处理工艺系统除具有基建投资低、运行费用低、操作管理简便等优点外，还能够利用污水中的水肥资源，把污水处理与绿化相结合，美化和改善区域生态环境，特别适合中国国情。
4)乡镇污水系统尽量将各单元合建，充分利用各池体共壁设计，减少项目的总投资。
5)一般乡镇污水水质较单一，多为居民生活污水。当然部分村镇畜禽养殖较多，畜禽粪便进入污水中COD和氮磷浓度高，对污水处理系统负荷冲击较大。设计过程中应要求畜禽粪便实行先清粪后进入沼气池发酵处理，这样可以避免污水氮磷浓度过高污水营养比失调，而且沼气池发酵后对粪便中大肠杆菌等实现有效灭菌，发酵后的沼液可以作为树木防虫，沼渣可以作为有机肥，沼气可以用作燃气、照明等。
村镇污水厂进水温度比较低，反应区温度基本接近气温，提高污水反应区温度确保硝化的效果和防冻也是北方地区村镇污水急需解决的问题。河北承德县等地采用采光保温罩直接利用太阳能的方式可以很好解决冬季水温低的问题，确保生化区水温能够大于8℃。同样，微动力污水处理系统采用采光保温罩的形式可以确保反应区防冻，同时有利于生态植物的良好生长，确保污水处理效果。
